Hlavním cílem projektu je vytvořit potřebné nástroje a infrastrukturu pro vědeckou práci v humanitních oborech (například historie, filozofie, literatura, apod.), jejímž základem nebudou dle stávajících zvyklostí analogové dokumenty, nýbrž zdroje dostupné v elektronické podobě – například digitalizované dokumenty, elektronické databáze či různé separátní kolekce elektronických dat vědecké povahy, jež vznikají na akademických pracovištích a které dosud nejsou používány v uspokojivém množství ani systematicky propojovány. Cíle projektu jsou v plně v souladu s novými přístupy pro vědeckou práci, které lze charakterizovat termínem „Digital Humanities“. Centrální řešení INDIHU bude sloužit pro integraci dat z oblasti sociálních a humanitních věd. Jednotlivé zapojené ústavy AV ČR, Knihovna AV ČR a Národní knihovna ČR budou v rámci projektu propojovat své zdroje, které doposud fungují separátně, mnohdy o nich navzájem není velké povědomí a je prakticky nemožné je používat společně pro tvorbu konkrétních analýz a specifických výzkumů. Mezi výstupy projektu bude patřit vývoj nástrojů, jež umožní práci s digitálním obsahem, jeho efektivní využítí k výzkumu a použití nových metod a přístupů – bude připraveno softwarové řešení pro virtuální výstavy umožňující využití různých zdrojů dat, vznikne softwarové řešení pro virtuální znalostní bázi, jež bude přehledným informačním systémem a zdrojem pro jednotlivé badatele a zároveň bude integrován open source mechanismus, který umožní vytvoření strojově čitelných plných textů, které budou sloužit k efektivnějšímu výzkumu a vyhledávání v požadovaných dokumentech a publikacích. Mezi výstupy projektu patří i série workshopů pro studenty a pedagogy vysokých škol za účelem seznámení s oblastí digital humanities a zároveň s výstupy projektu využitelnými v této oblasti. Cílem projektu je také začlenění českých informačních zdrojů z oblasti humanitních a společenských věd do mezinárodních infrastruktur zejména do DARIAH a Europeany.